《自然·综述》关注：同一健康视角下的抗生素耐药性 | 热心肠日报
今天是第2603期日报。
Nature Reviews：从同一健康的角度看质粒介导的抗生素耐药性（综述）
Nature Reviews Microbiology[IF:88.1]
① 使用同一健康的框架，有助于理解决定质粒介导的抗生素抗性基因（ARGs）传播的生态和演化因素；② 质粒携带的ARG在不同生境分布，且质粒可推动ARGs在局部地区和全球及跨生境传播，如粘菌素耐药性的全球传播和碳青霉烯类耐药性的临床扩散；③ 驱动多重耐药性质粒的出现、传播和存续的生态进化因素，除了细菌的细胞和群体层面的因素，还包括选择条件、空间结构、环境异质性、时间变化以及菌群中的其他成员。
Plasmids, a molecular cornerstone of antimicrobial resistance in the One Health era
07-10, doi: 10.1038/s41579-023-00926-x
【主编评语】Nature Reviews Microbiology近期发表的综述文章，从同一健康的视角，对决定质粒介导的抗生素抗性基因在局部地区和全球传播的研究进行了整理，就影响质粒在复杂微生物群落中的生态和演化的因素展开了讨论。（@mildbreeze）
Nature Reviews：如何实现人体微生物组研究的可持续发展（评论）
Nature Reviews Microbiology[IF:88.1]
① 微生物组的改变与健康有关，但这些改变可能是疾病状态的结果而非原因；② 微生物组导向的治疗性食品或可预防由不良饮食/生活方式导致的微生物组的改变而引发的疾病；③ 人体皮肤、肺和肠道菌群与环境密切相关，应秉承“同一健康”理念进行相应研究；④ 应理解土壤微生物、作物生产、营养价值、肠道微生物组、环境和健康之间的联系，促进社会可持续发展；⑤ 微生物组研究不均衡，相关知识需纳入学校课程，使人们意识到其在生态系统中的重要性。
The human microbiome, global health and the Sustainable Development Goals: opportunities and challenges
06-16, doi: 10.1038/s41579-023-00924-z
【主编评语】2015年，联合国大会通过了17项可持续发展目标（SDGs），旨在改善世界各地人民的生活。微生物组在维持地球生命方面具有至关重要的作用，其可以提供丰富的生物活性化合物和活性，对农业、环境以及动物和人类健康有益。通过投资、协作、法规变更和公众宣传来抓住微生物创新的机会，将大大增加实现SDGs的可能性。发表在Nature Reviews Microbiology上的一篇评论文章总结了人体微生物组研究与更广泛的可持续发展目标之间的联系，并强调了在实施可持续发展目标中体现微生物组研究的一些挑战和机遇。（@EADGBE）
Nature子刊：“同一健康”不能忽视土壤菌群（观点）
Nature Microbiology[IF:28.3]
① 土壤微生物组是微生物循环的核心，对于实现同一健康（平衡和优化人类、动物和生态系统的健康）十分重要；② 但目前的同一健康政策中没有充分考虑土壤微生物组；③ 将土壤微生物组纳入同一健康的5个步骤：建立由现有“科学-政策-社会互作”组成的知识枢纽网络，整合、存储与共享数据，定期评估、预测和建议，利益相关者的有效参与，重组现行制度；④ 潜在的困难：额外的资源需求，机构间合作，数据协调，确保多语言和多文化的视角等。
Soil microbiomes must be explicitly included in One Health policy
06-02, doi: 10.1038/s41564-023-01386-y
【主编评语】One Health（同一健康）是旨在可持续地平衡和优化人类、动物和生态系统健康的综合统一方法。Nature Microbiology发表的这篇观点文章，探讨了土壤微生物组在实现同一健康目标中的重要性和核心作用，并提出了将土壤微生物组纳入同一健康政策的五步路线图。（@mildbreeze）
抗生素是一把双刃剑（综述）
PLoS Medicine[IF:15.8]
① 本系统综述纳入10项随机对照试验研究，其中包括在低中收入国家2岁以下儿童中进行的人群研究，这些研究报告了抗生素使用后肠道微生物组组成和/或耐药基因组组成；② 总的来说，与安慰剂相比，抗生素治疗减少了肠道微生物群的多样性，增加了抗生素特异性耐药基因的丰度；③ 最广泛测试的抗生素是阿奇霉素，它降低了肠道微生物群的多样性，并在治疗后5天显著增加了大环内酯类药物的耐药性。
Impact of antibiotics on gut microbiome composition and resistome in the first years of life in low- to middle-income countries: A systematic review
06-27, doi: 10.1371/journal.pmed.1004235
【主编评语】不适当的抗菌药物使用是抗菌药物耐药性（AMR）的关键驱动因素。低收入和中等收入国家（LMICs）承受着抗菌素耐药性的重大负担，幼儿尤其容易受到携带抗菌素病原体的感染。近期发表于PLoS Medicine的一项系统综述表明，抗生素显著降低了中低收入国家婴幼儿肠道微生物组的多样性并改变了其组成，同时促进了耐药基因，这些耐药基因在治疗后可以持续数月。但现有研究过少，且存在一些设计缺陷，未来还需更多研究。（@注册营养师陈彬林）
同种异体造血干细胞移植后的抗生素使用策略
Clinical Infectious Diseases[IF:11.8]
① 纳入188名同种异体造血干细胞移植（SCT）患者，101名任意使用抗生素（在出现发热后即可使用抗生素），87名限制性使用抗生素（满足一定标准后才可使用抗生素）；② 限制性使用抗生素显著推迟了移植后的抗生素使用时间（1.7天 vs. 1.4天），并显著减少了5.8天的抗生素使用时长，且并未增加感染并发症；③ 在移植7天后，限制性使用抗生素更有益于菌群的多样性及物种丰度，并有减少严重胃肠道移植物抗宿主病的趋势。
Restrictive versus permissive use of broad-spectrum antibiotics in patients receiving allogeneic SCT and early fever due to cytokine release syndrome: Evidence for beneficial microbiota protection without increase of infectious complications
06-30, doi: 10.1093/cid/ciad389
【主编评语】Clinical Infectious Diseases上发表的一项回顾性队列研究结果，在188名同种异体造血干细胞移植患者中，相比于早期发热后即使用抗生素，限制性使用抗生素可推迟抗生素使用时间，减少抗生素使用时长，且不增加感染风险。（@aluba）
中非森林中人类与类人猿肠道真核生物病毒的趋同度高于欧洲动物园
Nature Communications[IF:16.6]
① 研究在喀麦隆和一家欧洲动物园进行，运用宏基因组、历史学、人类学和类人猿生态学分析，以及对人类-类人猿接触类型和频率的实时评估；② 发现喀麦隆人与类人猿之间共享的肠道真核病毒比动物园多；③ 喀麦隆人与大猩猩之间有病毒组融合，腺病毒和肠道病毒分类群是喀麦隆人与大猩猩之间最常共享的分类群，环境共用促进病毒共享；④ 人畜共患病发生的复杂过程可能是由宿主之间的遗传接近、病原体的适应能力以及人与动物接触所驱动的。
Higher convergence of human-great ape enteric eukaryotic viromes in central African forest than in a European zoo: a One Health analysis
06-21, doi: 10.1038/s41467-023-39455-9
【主编评语】人畜致病性传播威胁着人类和动物的健康，催化人畜共患病原体外溢和回流的过程是复杂的。Nature Communications近期发表的文章，发现中非森林中人类与类人猿肠道真核生物病毒的趋同度高于欧洲动物园。（@章台柳）
Nature：病原菌的前世今生（新闻）
Nature[IF:64.8]
① 考古遗传学的新热点是古病原菌学，现代测序技术可揭示人类历史中病原的发生发展；② 研究的关键在于古DNA的分离采集，人类遗骨和牙齿中是有效古病原DNA来源，且有效去除污染；③ 另一项重要工作是序列比对或序列的重头组装，现已形成标准化方案；④ 考古病原学研究还需要包括历史学家、博物馆专家甚至古人现代亲属的综合合作；⑤ 研究者正不断突破所能够获取的古分子的界限，每次新发现都能进一步揭开古病原对人类历史的影响。
Germs, genes and soil: tales of pathogens past
07-12, doi: 10.1038/d41586-023-02154-y
【主编评语】每一个病原菌的发生和进化都有其特定的故事。而搞清楚这些故事，可以让我们充分理解病原菌的前世今生，对于理解病原菌和人类的共同进化具有重要的意义。这些内容正是考古生物学的研究热点。近期一篇发表在Nature上的评论讨论了近期基因组学技术进步对病原菌考古学的影响，对未来病原菌考古学提出了新的看法和观点。（@Zhonghua）
Science子刊：非甾体抗炎药物如何加剧艰难梭菌感染？
Science Advances[IF:13.6]
① 吲哚美辛和艰难梭菌毒素均能作用于结肠上皮细胞（CEC），引起屏障功能受损；② 吲哚美辛使CEC对艰难梭菌毒素更敏感，两者联合使用增加CEC屏障通透性、炎症和死亡；③ 尽管吲哚美辛抑制前列腺素产生，但环氧合酶和前列腺素信号传导对吲哚美辛在艰难梭菌感染期间诱导CEC损伤并不是必要的；④ R-2-苯基丙酸证实非甾体抗炎药物加剧艰难梭菌感染与其抑制环氧合酶活性功能无关；⑤ 吲哚美辛与艰难梭菌协同破坏CEC线粒体功能，加剧艰难梭菌感染。
Nonsteroidal anti-inflammatory drugs sensitize epithelial cells to Clostridioides difficile toxin–mediated mitochondrial damage
07-19, doi: 10.1126/sciadv.adh5552
【主编评语】艰难梭菌通过两种强效外毒素的作用损害结肠粘膜。影响艰难梭菌感染（CDI）的因素尚不完全清楚，但可能与胃肠生态系统中的生态因素、粘膜免疫反应和环境因素有关。最近的研究表明，非甾体抗炎药（NSAIDs）会加重CDI。Science Advances近期发表的文章，发现非甾体抗炎药通过与艰难梭菌毒素协同靶向结肠上皮细胞（CEC）的线粒体，增加CEC对艰难梭菌毒素的敏感性，加剧CDI。（@章台柳）
北大团队：地下水中存在微生物生态基线吗？
Microbiome[IF:15.5]
① 基于全国733口新建井监测的高通量测序数据，发现随着潜水水位埋深减小，地下水细菌群落呈横向多样性梯度，并逐渐接近表层土壤微生物的纬度多样性梯度；② 在地下水以变形杆菌门为主的74个门中，其是协调浅层微生物的关键类群，随井深增加细菌多样性逐渐下降；③ 随着井深的增加生态位宽度减小，表明地下水关键微生物间从浅层密切合作到深层竞争加剧；④ 原始地下水菌群主要由确定性过程形成，可能与含水层黑暗和缺氧环境下的营养封存有关。
May microbial ecological baseline exist in continental groundwater?
07-19, doi: 10.1186/s40168-023-01572-4
【主编评语】微生物几乎构成了地下水的整个生物群落，在生态演化和全球生物地球化学循环中发挥着重要作用。生态基线作为人类干扰较少的基本参考已在土壤、河流和海洋等地表生态系统中进行了研究，但地下水微生物生态基线的存在仍然是一个悬而未决的问题。近日，北京大学倪晋仁及团队在Microbiome发表最新研究，基于全国733口新建井监测的高通量测序数据，证实了浅层地下水微生物群落的存在，并提出了地下水微生物群落指数来评价人类活动对地下水的影响，值得关注。（@九卿臣）
iMeta：国内团队描绘不同极端环境原核微生物培养策略
iMeta[IF:N/A]
① 本研究提供了一种直接有效的方案，从而可以从不同的极端环境（高温、干旱、盐碱、酸性和低温环境等）中分离原核微生物；② 开发了一种生物信息学工具，可以轻松地将多条16S rRNA基因序列在EzBioCloud数据库中进行鉴定；③ 提出了多组学指导的微生物培养方法对于培养尚未培养的微生物的新观点；④ 本研究能帮助研究人员显著提高纯培养原核微生物和新类群的分离效率，从而为极端环境微生物资源的保护和利用铺平了道路。
Cultivation strategies for prokaryotes from extreme environments
06-12, doi: 10.1002/imt2.123
【主编评语】本研究首先介绍了嗜极微生物的通用分离步骤，然后总结了多种从极端环境中获取纯培养原核微生物的策略，提出了一系列在微生物分离工作中容易被忽视但重要的技巧，并指出多组学指导的培养方式将在未来大有可为。（@刘永鑫-农科院-宏基因组）
感谢本期日报的创作者：accepted，Leo，注册营养师陈彬林，aluba，湖人总冠军，付炯兴，Jadon，Sunflower，刘永鑫-农科院-宏基因组